逃离奥格瑞玛后，希尔瓦娜斯·风行者前往冰冠堡垒。她与巫妖王伯瓦尔对峙，夺取了统御头盔。通过摧毁头盔，希尔瓦娜斯打开了一条通向暗影界的道路。这里是死者的国度，位于诸界之间，它脆弱的平衡维系着生命和死亡本身。
安度因、贝恩、吉安娜和艾泽拉斯的英雄们也在希尔瓦娜斯之后进入了暗影界，却发现自己被困在了噬渊。这是个可怕的国度，是最邪恶、最无可救药的灵魂的去处。逃出噬渊并不容易，但英雄们最终成功来到了奥利波斯，永恒之城，这是所有进入暗影界的灵魂必然最先来到的地方。英雄们发现，本就冷漠的仲裁官——她负责将灵魂引度到他们的最终归宿——陷入了沉眠，无法履行她的职责。而且，暗影界的四大盟约也乱作一团，彼此争斗，想要争夺对存亡至关重要的稀有资源——心能。
长久以来，古神恩佐斯都被囚禁于泰坦打造的监牢当中，如今终于成功逃回了他的权力中心——尼奥罗萨，觉醒之城。他在那里集结了自己的部下，准备在凡尘世界开启一个充满疯狂的新时代。
而在艾泽拉斯的一角，也展开了一场不同以往的激烈对战。在解救了贝恩·血蹄之后，瓦罗克·萨鲁法尔向萨尔寻求了帮助，而安度因也同时集结了联盟大军和部落的异见者。萨鲁法尔为了荣誉而战，为了部落的灵魂而战。双方的联军兵临城下，抵达了奥格瑞玛的大门。而萨鲁法尔向希尔瓦娜斯提出荣耀决斗“Mak'gora”，挑战她大酋长的头衔。在公开高喊出“部落都是废物”后，希尔瓦娜斯使用神秘的力量给了这位久经沙场的老兵最后一击。随后她抛弃了大酋长的身份，离开了奥格瑞玛，除了几名秘密的效忠者，再也没有得到任何势力的支持。
在达萨罗之战后，大酋长希尔瓦娜斯·风行者命令纳萨诺斯·凋零者带领着残余的部落舰队起航。部落用萨拉塔斯，黑暗帝国之刃作为罗盘，希望能够借此将战争转向对他们有利的方向。联盟舰队在其后追击，但两支舰队却都遭到了纳迦的伏击，因为他们脚下的大海突然打开了一个缺口。双方都被困在了纳迦古老的家园纳沙塔尔，并遭遇了一个远古的敌人，那便是纳迦的统治者、古神恩佐斯的仆人——艾萨拉女王。
与此同时，希尔瓦娜斯·风行者决定处决贝恩·血蹄，因为他释放了吉安娜·普罗德摩尔被复活的弟弟德里克。但她不知道的是，联盟和部落的军队已经在赶往营救牛头人酋长的路上了。在战场相遇后，萨尔和吉安娜所领导的队伍意识到，只有双方合作才能动摇希尔瓦娜斯对部落的统治，于是便做出了联手的决定。
海军统帅吉安娜·普罗德摩尔率领联盟大军，冒着极大的风险围攻了达萨罗的金字塔。他们用隐藏的炸药摧毁了赞达拉的大部分舰队，并针对纳兹米尔沼泽地的部落军队采用了声东击西的战略。当部落的勇士们发现这个骗局时，联盟已经踏上了达萨罗的台阶。赞达拉的统治者拉斯塔哈大王宁愿战死也不肯交出这个古老的王国。尽管联盟的进攻对赞达拉人造成了巨大的打击，但随着部落的反攻以及对大工匠梅卡托克的重创，联盟最终被迫撤退。
为了在战争中重获优势，大酋长希尔瓦娜斯·风行者密谋从内部瓦解联盟。她透露了一个计划，要剥夺德里克·普
从黑暗泰坦萨格拉斯为这个世界留下的伤痕中泄露出一种名为艾泽里特的不稳定物质——艾泽拉斯之血。随着联盟和部落逐渐认识到艾泽里特拥有的强大力量，两大阵营之间的冲突愈演愈烈，最终泰达希尔和幽暗城在全面爆发的战争中相继毁灭。
联盟和部落元气大伤，他们派出最伟大的英雄以招揽盟友。吉安娜·普罗德摩尔回到了故乡库尔提拉斯，希望他们重归联盟。然而迎接她的只有贵族的谴责和人民的愤恨，他们只希望看到吉安娜为曾经的罪行付出代价。与此同时，部落的英雄从暴风城监狱救出了赞达拉的塔兰吉公主。尽管塔兰吉的父亲拉斯塔哈大
在先知维伦的领导下，艾泽拉斯的勇士们为了终结燃烧军团的灭世远征，踏上了前往恶魔大本营阿古斯的冒险之旅。英雄们在这个破碎的世界里与一支由光铸者所组成的圣光军团汇合——他们已经在星际间与燃烧军团厮杀了数千年，其中就有传奇般的圣骑士图拉扬，以及游侠将军奥蕾莉亚·风行者。勇士们与重振旗鼓的圣光军团并肩背水一战，向着燃烧军团的力量核心——安托鲁斯，燃烧王座——进军。他们发现阿古斯的灵魂遭到了堕落泰坦萨格拉斯的腐化，甚至连其他的泰坦也没能逃过魔掌。英雄们经过艰苦的抗争，终于打败了阿古斯之魂并解救出诸位泰坦。
尽管古尔丹已经命丧暗夜要塞，部落和联盟也得到了包括伊利丹·怒风在内的新盟友的援助，但是燃烧军团的威胁还远未结束。萨格拉斯最信任的手下大将之一，欺诈者基尔加丹指挥着恶魔大军在破碎海滩负隅顽抗，希望利用萨格拉斯之墓及其蕴藏的力量来毁灭艾泽拉斯的一切生灵。抗魔联军，这支由艾泽拉斯最伟大的英雄们组成的特殊军队，突破了萨格拉斯之墓的大门——他们发现欺诈者几乎就要达到目的了。基尔加丹盘算着将抗魔联军传送到燃烧军团的老巢阿古斯，然后一网打尽，但最终这位艾瑞达领主却死在了卡德加、维伦、伊利丹以及众多勇士的围攻之
随着破碎群岛的战况愈演愈烈，燃烧军团盯上了麦迪文的故居卡拉赞，希望在那里找到可以帮助他们荡平艾泽拉斯的力量。卡德加与一众英雄成功阻止了这个阴谋，给仍然在破碎群岛上苦战的同胞们创造了一个绝好的机会，向恶魔发动反攻。在首席奥术师塔莉萨、泰兰德和女伯爵莉亚德琳的协助下，英雄们发起了反抗苏拉玛统治者大魔导师艾利桑德的起义。在解放了这座古代精灵都市以后，英雄们又转攻暗夜要塞，最终结束了古尔丹的恐怖统治。现在，艾泽拉斯的勇士们已经取得了阿曼苏尔之眼，并且掌握了彻底关闭萨格拉斯之墓的力量。