随着与巫妖王最终决战的临近，人类女法师吉安娜•普罗德摩尔和女妖之王希尔瓦娜斯•风行者共同前往诺森德的寒冷中心。他们的到来各有目的：吉安娜希望得知她曾经的朋友和情人，阿尔萨斯•米奈希尔是否还活着；而希尔瓦娜斯则渴望对她的死敌展开复仇。在两位英雄的援助下，艾泽拉斯的勇士们如同暴风般突入冰冠城塞，并一举消灭了巫妖王的爪牙。他们所面对的，是使用阿尔萨斯之剑，霜之哀伤屠杀过数以千计灵魂的巫妖王。最终，阿尔萨斯被杀死，而取得胜利的英雄们也了解到亡灵天灾之所以存在的严酷真相。
为了一举击败巫妖王，银色北伐军——由白银之手和银色黎明的神圣战士们所组成的联盟——在冰冠城塞附近搭建了基地——他们收集资源，并挑选能够为部队先锋效力的勇士。大领主提里奥•弗丁组织银色锦标赛以测试部落和联盟中具备潜力的勇士，但是天灾密探很快出现并破坏了这场选拔。天灾的攻势在巨大的地穴领主阿努巴拉克的出现而达到高潮，这只怪兽企图在提里奥的精锐部队成型前就铲除他们。
前线穿越诺森德的部落和联盟军队捷报频传，但是这些成功在探险家布莱恩•铜须所发现的古老泰坦城市奥杜尔面前都显得苍白无力。这座神秘的要塞被长期用作囚禁上古之神尤格•萨隆的监狱，这是一头拥有深不可测力量的邪恶生物，威胁着整个诺森德大陆。在布莱恩的帮助下，一群联盟和部落的勇士潜入奥杜尔直面尤格•萨隆，它将会给入侵者制造一系列的神秘幻像：千年神器巨龙之魂的诞生、暴风城莱恩国王被暗杀的经过以及巫妖王的未来命运。
随着太阳之井得到净化，世界只得到了短暂的安宁。恰逢此时，亡灵天灾对艾泽拉斯的城镇发动了大规模攻击，这次战火殃及到了东部王国。面临对抗一整支大军的巨大压力，大酋长萨尔任命加尔鲁什•地狱咆哮率领远征军征讨诺森德。与此同时，失踪的人类国王瓦里安•乌瑞恩最终重返暴风城重掌大权。他任命伯瓦尔•弗塔根统帅同样精锐的联盟部队，前往铲除巫妖王——以及任何胆敢阻挡他们道路的部落势力。
在外域战败后，凯尔萨斯•逐日者返回了血精灵的主城银月城。蒙受耻辱的王子宁可选择背叛他们，也不愿像他当初承诺的那样带领他的人民走向荣耀。凯尔萨斯企图利用传说中的太阳之井，那座血精灵魔法能量的源泉，召唤恶魔领主基尔加丹降临艾泽拉斯。在破碎残阳，血精灵和德莱尼的联军帮助下，部落和联盟的英雄们勉强阻止了凯尔萨斯和基尔加丹的阴谋，并在德莱尼先知维伦的帮助下净化太阳之井。
追随旧部落征战多年，巨魔督军祖尔金退役回到阿曼尼巨魔的首都祖阿曼，在那里他召集神秘的黑暗力量以重建他的军队。当艾泽拉斯将目光聚焦在对抗燃烧军团的战斗以及驻扎在外域的远征军上时，寻宝者入侵了祖阿曼，引燃了祖尔金对外部世界的仇恨怒火——尤其针对奎尔丹纳斯的高等精灵。在听闻这些自称“血精灵”的家伙在他退出部落后成为部落的一份子后，被激怒的祖尔金正式对部落和联盟宣战。
背叛者伊利丹为统治整个外域，已建立起一座名叫黑暗神殿的庞大要塞供军队驻扎，而这里曾经是一座德莱尼城堡。在他最信任的心腹失败后，这其中包括血精灵的叛逆前领袖，凯尔萨斯•逐日者，伊利丹的势力开始衰弱。值此良机，被称为破碎者的德莱尼大贤者阿卡玛，起身反抗所谓的“外域领主”。在伊利丹的前典狱官，坚韧的暗夜精灵玛维•影歌以及阿卡玛的协助下，一队勇士成功潜入伊利丹的权力宝座，彻底终结背叛者的统治。
末日领主卡扎克重新打开了通往外域的黑暗之门，潮水般的燃烧军团饥渴恶魔将艾泽拉斯吞没。部落和联盟的远征军，随着全新种族血精灵和德莱尼的加盟变得更为强大，他们穿越传送门从源头阻击燃烧军团的入侵。在外域干燥的地狱火半岛，联盟找到了多年前就已通过传送门驻扎此地的诸多英雄，与此同时，部落也与玛格汉接触——一群不曾参加他们族人最初入侵艾泽拉斯的“未腐化”兽人部族。外域的远征军为争执军队的指挥权，以及谁将出任对抗已将破碎疆土据为己有的伊利丹•怒风副官而引发进一步冲突。
巫妖王急于将亡灵天灾散播至整个艾泽拉斯，他将力量赋予了他最伟大的仆人之一，巫妖克尔苏加德。他藏身于一座名叫纳克萨玛斯的浮空城之中——那里正是天灾军团恐怖的作战基地所在。来自血色十字军和银色黎明的连续进攻削弱了浮空堡垒的防御，并最终突破防线一举击败克尔苏加德。然而，一名银色黎明骑士团的叛徒却暗中携带克尔苏加德那被诅咒的遗骸逃亡至诺森德，在那里，倒下的巫妖得以重获新生。
甲虫之墙背后，那长年与世隔绝的安其拉巨型沙漠堡垒，是其拉虫人的家园，一个曾经将卡利姆多大陆推向毁灭的野蛮种族。但是更为凶恶的势力仍潜藏在安其拉之墙背后：上古之神克苏恩，一个自古以来就将罪恶散播于艾泽拉斯的古老存在。克苏恩令其拉虫人变得狂怒，联盟和部落为一触即发的战争而共同努力。这支被称为卡利姆多的力量，来自联盟和部落的混合部队，在兽人瓦洛克•萨鲁法尔的指挥下打开安其拉之门。他们的冲锋目标：围攻安其拉废墟和安其拉神庙，征服来自远古时代的可怕敌人。